एक लूप लिखें जो अणु का निर्माण करता है, फिर इसे हर बार धीमी गति से चलाएं।
हाथ की चाल का एक दोहराव क्रम प्रोग्राम करें जो परमाणुओं को पकड़ता है और उन्हें लक्ष्य अणु में बांधता है, फिर उस लूप को बार-बार चलाता है। एक बार जब यह काम कर जाए, तो कम समय में अधिक उत्पादन करने के लिए चक्र को अनुकूलित करें।
रिएक्शन रश एक प्रोग्रामिंग-और-ऑप्टिमाइज़ेशन चुनौती को आणविक असेंबली लाइन के रूप में तैयार करता है, जो रसायन विज्ञान के साथ कम्प्यूटेशनल सोच का मिश्रण है।
परमाणुओं को पकड़कर उन्हें किसी लक्ष्य अणु में जोड़ने के लिए भुजाओं को प्रोग्राम करना, फिर अनुक्रम को लूप करना और चक्र का अनुकूलन करना, SpaceChem है — Zachtronics का 2011 का पहेली खेल जो स्वचालन और रासायनिक आबंधन पर बना है, जिसमें वाल्डो कहलाने वाले दो मैनिपुलेटर एक दृश्य प्रोग्रामिंग भाषा से चलते हैं।
लूप काम करने लगने के बाद प्रवाह-क्षमता का अनुकूलन मूल खेल की अंक-प्रणाली है और इसे यहाँ बनाए रखा गया है।
प्रोग्राम को दोहराने वाला बनाना ही उसे पहेली से इंजीनियरिंग में बदलता है। एक बार काम करने वाला अनुक्रम आसान है; हमेशा काम करने वाले अनुक्रम को हर भुजा को उसकी आरंभिक अवस्था में लौटाना होगा, जो वह बाधा है जो वास्तविकता में भी औद्योगिक स्वचालन को कठिन बनाती है।
रिएक्शन रश एक प्रोग्रामिंग-और-ऑप्टिमाइज़ेशन पहेली है जिसे आणविक असेंबली लाइन के रूप में तैयार किया गया है। यह PlayPendium के लिए इन-हाउस बनाया गया एक मूल, निःशुल्क ब्राउज़र गेम है।